Las líneas de investigación del CEH han permitido desarrollar la vinculación de los investigadores a través de grupos de trabajo y seminarios interinstitucionales que han destacado por su constancia y sus logros académicos, como el Grupo de Estudios sobre Religión y Cultura, el Seminario de Historia del Norte, la Red de Estudios del Régimen de Subdelegados en la América Borbónica, Antropología e Historia del Mundo Campesino, Seminario Interinstitucional de Historia del Género y de las Sexualidades, la Red de Historia Demográfica y el Seminario de Historia Contemporánea de México y América Latina, entre otros.

Además de contar con una muy alta productividad propia, el núcleo académico del programa ha formado a investigadores en el área de Historia. Los alumnos que han pasado por nuestras aulas provienen prácticamente de toda la geografía mexicana, pero algunos estados tradicionalmente contribuyen con estudiantes de manera constante, como la CDMX, el Estado de México, Michoacán, Baja California, Zacatecas, Chihuahua y Yucatán. Además, en las últimas tres generaciones hemos iniciado un proceso de internacionalización y hemos recibido alumnos de Chile, Colombia, Honduras y Guatemala.

En las labores de investigación se desarrollan proyectos que implican colaboración con otras instituciones o con la sociedad civil. Entre ellos destacan: México y Guatemala: historia de tres plagas de langosta y el estudio de su impacto ambiental y social (Siglos XVIII-XIX); la Red Temática de Estudios Interdisciplinarios sobre vulnerabilidad, construcción social del riesgo y amenazas naturales y biológicas; Clima, riesgo, catástrofe y crisis a ambos lados del Atlántico durante la Pequeña Edad de Hielo y varios más.